進樣閥在進樣過程中，必須是非常清潔的，否則得不到較好的結果。進樣閥切換到進樣位置（Inject）后，要在此位置保持一段時間，使流動相充分沖洗樣品定量管，這樣可以有較高的度，而且不用另外再沖洗樣品定量管。這種由色譜儀器控制的沖洗顯然要比手動沖洗更好些。注意：沖洗需要的流動相體積至少為所進樣品體積的10倍。例如，如果取20μL樣品至100μL樣品定量管中，而流動相此時的流速為1mL/min，則需要在進樣位置至少保持12s，即：20μL×10/1000μL•min-1=0.2min=12s。
當樣品定量管經過充分的沖洗后，可以將旋柄轉回取樣位置（Load），也可以繼續(xù)保持在進樣位置，到下次取樣前才切換回取樣位置。在切換回取樣位置時，將樣品進樣針或微量樣品進樣針從進樣閥中拔出。
為防止交叉污染，正常情況下不必每次進樣后都沖洗進樣閥注射針導入口。進樣閥內根據設計的直接連接進樣孔，可以使注射針頭的前端直接連接到樣品定量管的末端，沒有其他空間供樣品殘留。這樣在下一次進樣時，就不會有上一次殘留的樣品進入樣品定量管。
但是在進樣針頭插入或拔出過程中，會有痕量的樣品沉積在針頭密封區(qū)域。精密的測定顯示這種殘留有1nL ~ 10nL。這表明進20μL樣品，會殘留0.005% ~ 0.05%。每次進樣后沖洗注射針導入口可以將此殘留沖洗干凈。沖洗注射針導入口的過程為：設定流動相的流速為0.1mL/min ~ 1mL/min，將注射針導入口沖洗頭（Rheodyne部件號7125-054）連接到一只體積相對較大的注射器上，用的流動相只在進樣位置清洗注射針導入口。這樣進入進樣閥中的液體繞過樣品定量管由樣品溢出管5#口排出。這一過程可以將注射針導入口、引導管、注射針導入管和注射針密封圈清洗。而采用注射器插入式的沖洗方式，則不能全部清洗上述部分的表面。在取樣位置將注射針插入注射針導入口時，針頭推動注射針密封圈內少量樣品液體（上一次沖洗注射針導入管留下的）進入樣品定量管。當該樣品液體與所用的流動相組成不同，且同時采用部分充滿定量管進樣方式時，在高靈敏度的檢測器上可能出現(xiàn)怪峰。所以沖洗注射針時用流動相沖洗。
如果已發(fā)現(xiàn)有嚴重的交叉污染現(xiàn)象，請檢查是否有下列原因造成：
1.使用的注射針頭長度不夠（針頭的長度至少要5cm），注射針末端不能到達定子表面。
2.注射針沒有充分插入注射針導入口。
3.注射針導入口內的污染物或針頭密封磨損下來的削片，使注射針頭末端不能接觸定子表面。
如果不考慮交叉污染，每進樣10次或20次沖洗一下注射針導入口，這樣可以注射針導入管內充滿流體。在注射針插入或拔出的過程中，清洗注射針頭或稀釋污染這一區(qū)域的樣品的同時也使注射針導入口和樣品溢出5# 口充滿流體，從而防止空氣進入樣品管。